お宝求めて旅をするチョコボとモーグリ。
とあるダンジョンに入り探索途中でワナにはまり、外に追い出されて気絶してしまったチョコボ。
通りかかったシロマに助けられる。
探索の末にダンジョン深部に到達する。そこには巨大なクリスタルがあった。
モーグリがクリスタルを取ろうとしているとトラップが発動してしまいダンジョンもろとも海の中に落ちてしまう。
ダンジョンから投げ出されたチョコボとモーグリ、海岸に居る所を再びシロマに助けられる。
ダンジョン内にあったクリスタルが忘れられないモーグリは海底に沈んだダンジョンへのリベンジを考える。
シロマの案内で近くの村を拠点に再度ダンジョンに挑戦することにする。
しかし海底にあるダンジョンに行くには潜水艦が必要!!と言う事で町はずれに住んでいるという変人おじさんのシドの所シドタワーへ行くことにする。
ところが、シドタワーはインプどもに占領されていた。シドと共にシドタワーを取り戻し、シドマリナー(潜水艦)を使い海底ダンジョンの探索をする事に...
と思ったがチョコボの強力な「くちばし」によってシドマリナーは故障してしまったのでチョコボがダイビングで探しに行くことにする。
海底に沈んだダンジョンの外観をみて大きなロボットである事がここで分かる。
苦労してやっと見つけたダンジョンの入り口は実は村からそう遠くない海岸にあり無駄な苦労を色々したものの、シロマと共にリベンジする。
ダンジョン深部に到着し、探索を行っていると突如ワープしてきたインプにシロマがさらわれてしまう。
シドの元に現れたバハムートからシロマが雪山に居る事を教えられて助けに行く事にする。
森を抜け、雪山の途中で氷壁に阻まれるが村にいるボムおばさんが自爆することでチョコボたちにシロマ救出を託したりと
感動イベントを経てシロマをさらったボス(グラスゴス)を倒す。
ここでバハムートからシロマが滅びてしまった世界で唯一生き残った未来人でロボットであるダンジョンを起動する鍵である事を教えられる。
しかしこのロボットを未来に戻す事も可能で、未来に返せば村の周辺に出没するモンスターもいなくなり平和になるとの事。
だが、そうするとシロマ自身も滅びた未来の世界に戻らなければならないことになる。
シロマ自身は自身を犠牲にダンジョンもろとも未来に戻す事を決めてチョコボに別れを告げる。
感動の別れののち村に戻るチョコボだったが、村に付いたところでなぜか未来に戻ったダンジョンロボットが起動し目の前に現れる。
理由は不明だがダンジョンにシロマがいると確信したチョコボと村人一同はシロマ救出を開始する。
空中に浮いているダンジョンロボットを落とすためにシドウィンドウ(飛行船)を使おうと思ったが、
またしてもインプどもに占領されている。シドタワーを取り戻し村人たちと協力し何とかダンジョンロボットを墜落させる事に成功する。
墜落した雪山目指してチョコボたちの最後のダンジョンへの挑戦が始まる。
相棒のモーグリと共にシロマ救出に成功したチョコボたち、村人もシロマと再会しめでたしめでたし。
村を去ろうとするモーグリにシロマは「みんなで一緒に暮らそうよ」と提案する。
モーグリはチョコボだけを残して自分は去ると伝えるが、チョコボ本人はモーグリと旅をする事を選ぶ。
シロマに別れを告げチョコボとモーグリは新たな冒険へ旅立っていくのであった。
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