旅をしていた「プーレ」と「アトラ」の二人はとある村に立ち寄る。 そこで出会った農夫の「カミラパパ」がちょうど農作業中に不思議な紫水晶を畑で発見してしまう。 紫水晶に魂を取り込まれてしまったカミラパパは行方不明になってしまい、村にはダンジョン(第1ダンジョン)が出現する。 ちょうど宿屋を探してい「プーレ」と「アトラ」はダンジョンに迷い込んでしまう。 ダンジョン内にはレアなアイテムがたくさん眠っていてお宝大好き「アトラ」は村に拠点を整え ダンジョン探索の準備を始める。一方「プーレ」も村の住人である「カミラパパ」が行方不明である事を聞き ダンジョン探索初心者の「プーレ」はダンジョン内で「クレール」と名乗る謎のローブ姿の人物と出会い ダンジョン探索の基礎を学びながら、ダンジョンが紫水晶の力により取り込まれた魂によって出現する事、また取り込んだ魂の物欲によってその深さが変化する事を知る。 なんとか「カミラパパ」の救出に成功するとダンジョンは崩壊し、「プーレ」たちは外へ飛び出す。 その時同時に外へ投げ出された紫水晶を「アトラ」が拾ってしまう。 「カミラパパ」の帰還に喜ぶ村人たちをよそに「アトラ」が紫水晶に魂を取り込まれてしまう。 「アトラ」不在に気が付いた村人たちは新たに出現したダンジョン(第2ダンジョン)をは発見して何が起こったのか察する。 相棒の「アトラ」を救うため「プーレ」の冒険は再び始まる。 「クレール」の助力を得ながら最深部に居る「アトラ」の救出に成功し無事再開を果たした「プーレ」と「アトラ」 当初の目的?だったレアアイテムもしっかり入手した2人は村を後にする。 しかし「アトラ」のカバンから例の紫水晶が知らぬ間に落っこちてしまう。 おちた先にあったのは畑のカカシ。するとカカシの魂を取り込んでしまいとてつもなく深いダンジョン(第3ダンジョン)が村に出現してしまうのだった。
ローグライクゲームで一般的に採用されているターン制システムとリアルタイムで時間が経過する ATB(アクティブタイムバトルシステム)という、一見相反する2つのシステムを組み合わせた独自のTATB(ターンアクティブタイムバトル) 操作はターン制で進み自分が1マス動くと敵も1マス動く方式だが攻撃範囲内に入ったり一定距離まで敵と近づくとATBバー が表示され、リアルタイムでATBバーが増加していく。 ATBバーが最大まで溜まると本来の攻撃が可能。最大まで溜まっていなくても攻撃は可能だが威力や命中率などに減衰がかかる。 ATBバーの長さにより攻撃頻度が変化し、戦闘の幅を飛躍的に広げていた。 装備品で武器や防具に相当するツメやクラによりATBバーの長さが変化し装備選びや運用方法にも多様性を持たせる作りとなっていた。 ダンジョンは計3つしか存在しないが、第1・第2はまともな階層設定だが、第3ダンジョンは9999階まで進めると言う企画外の作りであり ローグライクゲーム特有の長期に渡り楽しめるゲームとなっていた。 しかし 『チョコボの不思議なダンジョン 解体真書』(アスキー社(現エンターブレイン)発行)内のスタッフインタビューでは「下りられる階数は無限」 「4桁までは表示可能な様にしてある」と書かれていたが、実際に9999階にたどり着くとオメガ戦の後階段を下りてもオメガ戦MAPに降りてしまう無限ループ に入ってしまうらしい。仕様なのかバグなのかわ不明。
また今作ではキャラクターは文字により会話をするが鳴き声程度のボイスのみ設定されていて 物語の本筋や重要なシステム面の文字説明はあるが、絵文字による感情表現などが多く特有の面白さと世界観が楽しめた。